Fürst Nikolaus II. stellte konsequent und mit großer Gründlichkeit seine Sammlung zusammen. Im Bereich der Musik lag sein Schwerpunkt auf der Kirchenmusik. Er bevorzugte allerdings die barocken und konventionellen Werke Albrechtsbergers, Reutters und Michael Haydns, entgegen dem damaligen allgemeinen musikalischen Zeitgeschmack, wo Kirchenmusik keine große Rolle spielte.

Joseph Haydns wichtigste Pflicht unter diesem Fürsten wurde die Komposition einer Festmesse zum Namensfest der Fürstin, obwohl sein kompositorischer  Schaffensschwerpunkt in dieser Zeit auf die Symphonie, die Kammermusik und das Oratorium hin ausgerichtet war.

Das Fest zu Ehren der Fürstin wurde zusammen mit den Marienfesten Maria Geburt und Maria Namen, sowie dem Hochzeitstag des Fürstenpaares (15. September) jährlich im September begangen und eröffnete die Fest- und Jagdsaison. Dafür komponierte Joseph Haydn in den Jahren 1796 bis 1802 jährlich, mit Ausnahme des Jahres 1800, eine Missa solemnis (Festmesse).
So entstanden seine sechs letzten Messkompositionen, die ebenfalls zu den Höhepunkten seines musikalischen Schaffens zählen. Diese Festmessen wurden größtenteils in der, unter der Leitung des fürstlichen Baumeisters Joseph Ringer, bis 1797 generalsanierten Kalvarienbergkirche am Oberberg aufgeführt. Die Neugestaltung der Bergkirche als fürstliche Hofkirche umfasste den Anbau einer Vorhalle, den sogenannten „fürstlichen Eingang“ an der Nordseite der Kirche, die Neugestaltung des Kircheninneren mit den fürstlichen Oratorien, der Kanzel und dem Hochaltar mit den beiden Seitenaltären. Eine neue größere Orgel mit Positiv und Hauptwerk wurde vom Wiener Orgelbaumeister Johann Gottfried Malleck (1733 – 1798) ebenfalls 1797 in die Kirche eingebaut. Bei der Umgestaltung der Altäre wurden auf den beiden Seitenaltären, in Anspielung auf die Namenspatrozinien des Fürstenpaares, die Altarbilder "Maria Geburt“(1772) und die „Apotheose des hl. Nikolaus“ (1772) angebracht.

Anlässlich ihres Besuches in Eisenstadt besichtigte Kaiserin Maria Theresia (1772 - 1807), die zweite Gattin Kaiser Franz II. (I.), am 19. September 1797 die Bergkirche, welche ihr besonders gut gefiel, dass sie sagte, „die Kirche ist ihr eine angenehme Erinnerung an den Pantheon, sehr viel Ehre meinem Freund Rhode (der fürstliche Zimmermaler Friedrich Rhode)..“. [Tagebücher des fürstlichen Stallrechnungsführers Joseph Carl Rosenbaum (1770 – 1829), herausgegeben von Else Radant in Haydn Yearbook V, 1968]
Die Fertigstellung des neu gestalteten Schlossvorplatzes mit den neuen Hofstallungen und der Bergkirche wurde ab dem 9. September 1797 mit einem aufwändig gestalteten Namensfest  der Fürstin gefeiert, dessen Ablauf sich bis1807 jährlich wiederholte. Die Gäste wurden auf dem Schlossvorplatz mit türkischer Banda (Blasmusik) und den Ehrenformationen der fürstlichen und städtischen Garden willkommen geheißen. Es folgten eine Mittagstafel im Festsaal, abends ein Feuerwerk, eine Illumination des Gartens und ein Ball. Dem folgten an den darauffolgenden Tagen ein Festgottesdienst, eine Jagd, Bälle, Theater- und Opernaufführungen.

Am 10. September 1797 wurde laut Rosenbaums Tagebuchaufzeichnungen ein „neues Amt, die Musik von Fuchs nebst einem neuen Chor von Haydn“ aufgeführt. (Johann Nepomuk Fuchs – 1766 bis 1839 – ein Lieblingsschüler Haydns und Klavierlehrer der Fürstin Maria Hermenegildes, war ab 1802 Vizekapellmeister und ab 1809 Haydns Nachfolger als Hofkapellmeister bis zu seinem Tode).
Ende September 1797 wurde als Höhepunkt anlässlich des Besuches des ungarischen Palatins, Erzherzog Joseph Anton (1776 – 1847), Haydns Pauken-Messe („Missa in tempore belli“ in C) in der Bergkirche aufgeführt.
Auch bei der Aufführung eines von Rosenbaum erwähnten „Amtes“ von Haydn im folgenden Jahr, am 12. August 1798 handelt es sich entweder um die Pauken-Messe oder die Heilig-Messe („Missa Sancti Bernardi de Offida“ in B).

Am 23. September 1798 wurde das „neue Amt“ von Haydn, die Nelson-Messe („Missa in angustiis“ in d-Moll) in der „großen Kirche“ aufgeführt.

Am 8. September 1799 wird in der Bergkirche anlässlich des Namenstages der Fürstin die von Haydn neu komponierte Theresien-Messe ("Missa in B") aufgeführt.

Anfang September, ab 6. September1800 besuchte der größte damalige Kriegsheld, Lord Horatio Nelson (1758-1805), gemeinsam mit dem englischen Botschafter in Neapel, Sir William Hamilton (1730-1802) und dessen Gattin Emma, aus Wien kommend Eisenstadt. Während dieses Aufenthaltes wurde die Nelson-Messe in der Bergkirche aufgeführt.

Am 13. September 1801 wurde wieder eine neue Messe Haydns, die Schöpfungs-Messe ("Missa in B") in der Bergkirche aufgeführt. Haydns jüngerer Bruder Johann, fürstlicher Sänger, sang die Tenorpartie. Dem Tenorsolo im Credo folgte ein Orgelsolo. Weil Haydn bei der Interpretation dieses Solos durch den Organisten Fuchs unzufrieden war, spielte er dieses selbst. Wie sich ein Orchestermitglied erinnerte, lief er "wenn diese Stelle kam, zur geheimen Belustigung der Ausführenden, hurtig wie ein Wiesel zur Orgel, .....und producierte selbst."

Die letzte vollendete Komposition Haydns, die Harmonie-Messe ("Missa in B") wurde am 8. September 1802 feierlich aufgeführt. Beim anschließenden Festessen saß Haydn mit an der Tafel. Der österreichische Botschafter in England, Ludwig Graf Starhemberg sprach einen Toast auf Haydn aus, ein damaliges Novum. Am folgenden Tag folgten eine Jagd, ein Souper und ein Konzert, bei dem die schönsten Stücke aus der neuen Messe wieder aufgeführt wurden. Dass sakrale Musik in einem profanen Konzert wiederholt wurde, war gänzlich neu.

Nachdem 1804 die Festmesse, ein "Amt von Haydn" , anlässlich des Festes Maria Geburt (Donnerstag 10. September) in der Schlosskapelle gehalten wurde, wurde am darauffolgenden Sonntag, den 13. September, zu Maria Namen eine Messe von Fuchs und Haydns Te Deum, das er 1800 komponiert hatte, aufgeführt. Laut Rosenbaums Tagebuchaufzeichnungen fuhren die Gäste in 10 Wägen zur Kirche und während des Te Deums wurden Salven abgefeuert.

Am 13. September 1807 leitete Ludwig van Beethoven (abHerbst 1792 ein Jahr lang Schüler Haydns) auf Vermittlung Haydns die Aufführung seiner für den Fürsten komponierten C-Dur-Messe.  Rosenbaum nannte sie eine "verunglückte Musik", denn diese Messe missfiel dem Fürsten. Beethoven missdeutete die Bemerkung des Fürsten als beleidigend und reiste sofort ab. Er widmete diese Messe später dem Fürsten Kinsky.

1809 führte Johann Nepomuk Fuchs, als neuer Hofkapellmeister eine von ihm komponierte Messe auf, wie er in einem Brief an den Fürsten vom 18. September 1809 schrieb: "Am hohen Namensfest Sr. Durchlaucht, der gnädigsten Fürstin war hier ein so großer Zusammenlauf von Fremden undhiesigen Menschen, das die Kirche wirklich zu klein war. Der Herr Stadtpfarrer von Oedenburg hat pontifiziert, das Hochamt samt dem Te Deum dauerte sieben viertl Stund, die Meße und alles übrige war von mir, die Production gieng sehr gut, und machte besonders bei denen Fremden sehr vieles Aufsehen."

Quelle: Diözesanarchiv